Have you had lunch和Did you have lunch,意思貌似都是：询问对方你吃过午饭了吗？ 有什么本质不同?

不同的时态表达不同的意思。前一句是现在完成时，表示从过去某个时间开始到当前状态完成的动作，强调对当前的影响；后一句是一般过去时，强调过去是否进行过的动作。
因此，与其说前一句是问你是否吃过午饭，还不如理解为对方在委婉地问你现在饿不饿；而后一句意思就很直白，是想问你吃过午饭没，而并不关心你现在饿不饿的问题。

Have you had lunch?一般这么问，你吃了吗？

Did you have lunch指 （在过去某时间）吃没吃饭。

意思上，第一句是完成时，强调对现在影响（一般，时间离现在不远），比如，吃过饭的话会饱，或者起码胃里有食物。第二句是过去时，只是说过去做没做过，不管对现在有没有影响，而从时间上讲，可以是过去任意时刻，比如去年的今天吃饭没，也用did you ....

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时态不同，
前面是现在完成时，过去发生并且已经完成的动作对现在造成影响或后果，过去某一时间开始并一直持续到现在的动作或状态。

后面是一般过去时，表示过去某个时间里发生的动作或状态；过去习惯性、经常性的动作、行为；过去主语所具备的能力和性格

Have you had lunch？你吃过午饭了吗？如果吃了就不饿了，不需再吃。表示现在的是。
Did you have lunch？你吃过午饭吗？可能是今天的事，也可能是昨天的事，或是很久以前的事

前者是现在完成时，后者是一般现在时